Sejak awal berkecimpung dalam bisnis transportasi dan logistik, bisnis utama perseroan adalah di bidang pelayaran dan bisnis terkait. Layanan mencakup Container Shipping, Bulk Carrier & Tanker, Offshore Support, dan Ship Management. Dalam kurun waktu beberapa dekade, lini bisnis ini terus berkembang dan saat ini memiliki berbagai pelabuhan tujuan yang tersebar di seluruh Indonesia untuk layanan pengangkutan antar pulau dan secara global termasuk pelabuhan-pelabuhan besar di Asia Tenggara, Asia Selatan dan Timur jauh. Jasa angkutan laut masih menjadi kontributor utama pendapatan bagi perseroan.
PT Perusahaan Pelayaran Nusantara Panurjwan
Berdiri sejak tahun 1968, diawali dengan pelayaran antarpulau di Indonesia. Saat ini memberikan layanan pelayaran peti kemas dari dua pelabuhan hub, Jakarta dan Surabaya ke beberapa pelabuhan utama di Indonesia.
Samudera Shipping Line Ltd
Didirikan di Singapura pada tahun 1993, dan melakukan IPO di Bursa Efek Singapura pada tahun 1997. Area cakupan layanan terdiri dari wilayah Asia Tenggara, Asia Selatan, dan Asia Timur. Samudera Shipping Line Ltd memiliki layanan feeder untuk transportasi kontainer.
PT Samudera Energi Tangguh
Didirikan pada tahun 2009 dengan nama PT Silkargo Line. Pada tahun 2013 berganti nama menjadi PT Samudera Energi Tangguh seiring dengan peralihan fokus layanan ke pelayaran industri energi. Di tahun 2016, Perusahaan menambah 3 kapal pada armadanya, yaitu Sinar Morotai, Sinar Johor, dan Sinar Bukom.
PT Samudera Amanah Tanker
Didirikan pada tahun 2014 untuk menangani kegiatan jasa pelayaran dan pengangkutan yang spesifik pada jenis minyak dan gas.
PT Cumawis Indonesia
Didirikan pada tahun 2013 untuk menangani kegiatan jasa pendukung lepas pantai (offshore support services). Pada tahun 2016 Perusahaan menambah satu armada kapal yaitu Sinar Bontang.
PT Cumawis
Berdiri sejak tahun 1975, bergerak dalam bidang pelayanan jasa pendukung lepas pantai (offshore support). Berpengalaman melayani berbagai pelanggan kontraktor migas di Indonesia. Beberapa tipe kapal yang dioperasikan dan dimiliki antara lain crew boat, landing craft dan fire fighting boat.
PT Samudera Indonesia Ship Management
Didirikan pada tahun 1991 untuk mengelola seluruh armada kapal yang dimiliki oleh perseroan. Selain itu juga berfungsi menyediakan dan mengelola seluruh awak kapal (crewing dan manning).
Sejak didirikan pada tahun 1991, unit bisnis ini telah menyediakan layanan manajemen kapal. Selain itu menyediakan berbagai layanan lain seperti single service dan paket layanan terintegrasi: layanan konsultasi hukum dan asuransi, kru, survei, pembuatan kapal dan pengawasan pemeliharaan, serta manajemen proyek dry-docking.
PT Samudera Perkapalan Indonesia
Berdiri pada tahun 2017, unit bisnis ini menangani pengiriman domestik.
Samudera Bharat Feeder Pvt Ltd
Berdiri pada tahun 2016 yang merupakan usaha patungan dengan mitra bisnis di India. Mengoperasikan layanan feeder sepanjang pantai timur India.
Foremost Maritime Pte Ltd
Berdiri pada 7 Januari 1995, unit bisnis ini telah mengoperasikan armada operasional dalam transportasi massal. Unit bisnis yang berbasis di Singapura ini melayani sejumlah tujuan, baik domestik maupun global.
LNG East – West Shipping Company (Singapore) Pte Ltd
Sejak didirikan pada tahun 2016, unit bisnis ini yang merupakan kerja sama antara Samudera, NYK, dan Sovcomflot, telah mengoperasikan kapal tanker yang mengangkut Liquefied Natural Gas (LNG) dan saat ini memiliki kontrak transportasi LNG jangka panjang dari kilang gas BP Tangguh.
PT Samudera Shipping Services
Sejak didirikan pada 12 Oktober 2000, unit bisnis ini telah menyediakan layanan transportasi laut guna menunjang aktivitas industri kimia cair, minyak dan gas, dan transportasi kargo curah (liquid petrochemical, petroleum, dan bulk shipping). Perusahaan juga telah menerima sertifikasi ISO 9001, ISO 14001, dan OHSAS 18001.
PT Samudera Niaga Tangguh
Didirikan pada tahun 2016, memiliki kegiatan usaha utama di bidang general trading untuk produk bahan bakar industri, sparepart & lube oil.
PT Samudera Mbiantu Sesami
Berdiri pada tahun 1991 dengan fokus kegiatan utama memberikan jasa bantuan dan penyelamatan terkait kecelakaan di laut (salvage). Memiliki Surat Izin Usaha Pekerjaan Bawah Air (SIUP PBA) dan bersertifikasi ISO 9001:2008. Perusahaan juga menjalin hubungan kemitraan dengan SMIT Salvage, perusahaan salvage dari Belanda yang berdiri sejak tahun 1842.
PT Samudera Agencies Indonesia
Didirikan pada tahun 2016 sebagai perusahaan keagenan kapal di Indonesia. Seluruh kegiatan keagenan perusahaan akan dikelola melalui Samudera Agencies Indonesia.
Samudera Shipping Line (India) Pvt Ltd
Berdiri pada tahun 2003 dan mulai beroperasi penuh pada awal tahun 2004. Kegiatan utamanya adalah menyediakan layanan pelayaran peti kemas untuk menghubungkan India ke Timur Tengah dan Asia Tenggara serta Asia Timur. Saat ini mempunyai basis di Mumbai, Kolkata, dan Chennai.
Samudera Intermodal Sdn Bhd
Berdiri pada bulan Mei 2012 dan berbasis di Malaysia. Menangani kegiatan keagenan di berbagai pelabuhan di Malaysia.
Samudera Traffic Co., Ltd
Berbasis di Bangkok, berdiri pada tahun 2004 sebagai agen Samudera Shipping Line. Menangani kegiatan keagenan untuk wilayah Thailand.
Ocean Shipping Pte Ltd
Berbasis di Singapura dan memberikan layanan keagenan di wilayah Asia Tenggara.