Pada tahun 1986 mengawali usaha di bidang jasa bongkar muat di berbagai pelabuhan di Indonesia. Kemudian, tahun 2003 Lini Bisnis ini berkembang menjadi pengelola terminal di pelabuhan, dengan layanan jasa meliputi:

- Layanan bongkar muat maupun pengiriman dan penumpukan untuk peti kemas dan general cargo.
- Layanan pengelolaan terminal curah, terminal peti kemas, terminal serba guna.
- Penyediaan perlengkapan pendukung pelabuhan.
- Penyediaan air bersih ke kapal.

Perseroan kini mengoperasikan 4 terminal dan pelabuhan; 3 di antaranya terletak di pelabuhan Tanjung Priok, Jakarta dan 1 di Palaran, Samarinda, Kalimantan Timur. Dua dari 3 terminal yang berlokasi di Tanjung Priok tersebut dikelola secara kolektif bersama PT Pelabuhan Indonesia II untuk menyediakan layanan peti kemas dan curah. Perseroan juga mengoperasikan terminal Dermaga Serbaguna Nusantara (DSN) melalui skema Build, Operate and Transfer (BOT) yang menyediakan fasilitas sandar kapal, bongkar muat dan pengoperasian lapangan untuk peti kemas domestik dan general cargo. Perseroan telah melengkapi pelabuhan kelolaan dengan peralatan mutakhir seperti Container Crane (CC), Harbour Mobile Crane (HMC), Rubber-Tyred Gantry Crane (RTGC) guna meningkatkan produktivitas bongkar muat. Perseroan juga telah membentuk aliansi strategis dengan IT Portlink Malaysia di bidang pemeliharaan dan perbaikan.

PT Samudera Terminal Indonesia

Didirikan pada tahun 2014. Unit bisnis ini berfungsi sebagai subholding yang mengakomodasi dan mengelola bisnis terminal yang dijalankan oleh Samudera Indonesia.

PT Prima Nur Panurjwan

Berdiri pada tahun 1986 melayani aktivitas bongkar muat kapal-kapal yang beraktivitas di Pelabuhan Tanjung Priok pada rute domestik (pelayaran antarpulau) untuk breakbulk cargo dan peti kemas dengan lingkup aktivitas mencakup kegiatan stevedoring, cargodoring, receiving/delivery, dan kegiatan pergudangan. Perusahaan ini juga mengimplementasikan sistem teknologi informasi yang memadai untuk mendukung kegiatan usaha melalui Electronic Terminal Operation System (ETOS).

PT Tangguh Samudera Jaya

Berdiri pada tahun 1986, merupakan perusahaan bongkar muat yang beraktivitas di Pelabuhan Tanjung Priok. Perusahaan ini melayani kegiatan bongkar muat peti kemas internasional dan domestik, multipurpose terminal operator, stevedoring dan equipment provider.

PT Pelabuhan Samudera Palaran

Berdiri pada tahun 2007 dan mulai beroperasi pada tahun 2010. Mengoperasikan Terminal Peti Kemas Palaran (TPK Palaran) di Samarinda, Kalimantan Timur. TPK Palaran merupakan proyek yang diprakarsai Samudera Indonesia, Pelindo IV, dan Pemerintah Kota Samarinda untuk mengantisipasi pertumbuhan arus peti kemas di Samarinda yang semakin meningkat setiap tahunnya. Perusahaan ini memperoleh konsesi untuk mengoperasikan TPK Palaran selama 50 tahun. Selain itu, unit bisnis ini telah menyediakan berbagai layanan seperti pemuatan kontainer, layanan pembongkaran dan penumpukan, dan pasokan air untuk kapal.

PT Samudera Sarana Terminal Indonesia

Merupakan perseroan joint venture antara Samudera Indonesia dan SEIC Resources (M) Sdn Bhd. Dibentuk khusus untuk menjamin kesiapan dan ketersediaan peralatan bongkar muat pada tingkat yang optimal. SSTI memberikan layanan perawatan dan pemeliharaan, troubleshooting dan repairing maupun peningkatan kinerja sistem serta penyediaan suku cadang untuk peralatan bongkar muat di pelabuhan.

PT Samudera Golden Mitra

Berdiri pada tahun 2011, yang merupakan joint venture antara Samudera Indonesia dengan kelompok usaha Golden. Layanan utama yang diberikan secara umum adalah menunjang kegiatan bongkar-muat barang yang ditangani oleh TPK Palaran. Selain itu, juga menyediakan layanan penumpukan peti kemas, stuffing-stripping dari dan ke dalam peti kemas dan haulage peti kemas dari dan ke dalam pelabuhan peti kemas.

PT Tata Bandar Samudera

Merupakan induk perusahaan Samudera Stevedoring yang beroperasi di berbagai lokasi di Indonesia. Perusahaan fokus pada kegiatan stevedoring.

PT Ampel Jaya

Berdiri sejak tahun 1993 dan berdomisili di Surabaya, bergerak di bidang bongkar muat dengan jasa layanan utama kegiatan stevedoring kapal domestik dan internasional. Di samping itu, Perusahaan juga menyediakan jasa layanan lain seperti cargodooring, receiving/delivery, penyewaan alat reach stacker & forklift, trucking dan mengoperasikan gudang milik sendiri beserta lahan open storage.

PT Asta Rika Stuwarindo

Didirikan pada tahun 2005, unit bisnis ini beroperasi dalam bisnis bongkar muat dan menangani kargo proyek.

PT Ampel Tally Jaya

Didirikan pada tahun 2008, merupakan anak usaha PT Ampel Jaya yang bergerak di bidang jasa pengecekan kargo (tally). Jasa yang disediakan meliputi tally internasional, tally domestik dan tally cargo trucking.

PT Banjar Jaya Samudera

Didirikan pada tahun 1993, melayani kegiatan bongkar muat, cargodooring service, lashing unleashing service, survey dan handling empty container di Kalimantan Selatan.

PT Barelang Riau Jaya

Didirikan pada tahun 1998. Perusahaan ini melayani kegiatan bongkar muat kapal keagenan Perseroan di Batam dan sekitarnya. Jasa yang ditangani meliputi bongkar muat kargo breakbulk, project cargo handling dan pengelolaan depo untuk peti kemas.

PT Cirebon Jaya Samudera

Didirikan pada bulan Desember 2018, unit bisnis ini menangani kegiatan bongkar muat untuk Proyek PLTU 2 dan Pelabuhan Cirebon.

PT Deli Jaya Samudera

Berdiri pada tahun 1986, Perusahaan ini melayani kegiatan stevedoring, cargodoring, provider equipment, maintenance & repair dan cleaning container di Medan, Belawan dan sekitarnya.

PT Jambi Jaya Samudera

Didirikan pada tahun 1993, Perusahaan ini Melayani kegiatan CFS stuffing untuk prinsipal Perseroan seperti TSK, NYK, KMTC, UASC dan Maersk Line. Kargo yang ditangani antara lain adalah karet, cangkang sawit dan saat ini juga menangani project logistics.

PT Kota Jaya Samudera

Berdiri sejak tahun 1993 dan pada awalnya menangani kegiatan stevedoring plywood di anchorage Selat Laut Kotabaru. Seiring berjalannya waktu, Perusahaan melayani kegiatan stevedoring komoditas batubara.

PT Samudera Konsultan Terminal Indonesia

Sejak didirikan pada 19 Januari 2018, unit bisnis ini beroperasi dalam konsultasi dan desain untuk port engineering, management, dan system.

PT Kuala Jaya Samudera

Berdiri pada tahun 1986, Perusahaan ini menangani kegiatan bongkar muat dan delivery aluminium ingot untuk tujuan domestik maupun ekspor.

PT Kutai Jaya Pundinusa

Berdiri pada tahun 1986, Perusahaan ini melayani jasa stevedoring di Samarinda, Kalimantan Timur. Dalam ekspansi bisnisnya mengembangkan kegiatan di pelabuhan Loktuan, Bontang dan membuka cabang di Maloy dan Berau.

PT Lampung Jaya Samudera

Berdiri pada tahun 1986, Perusahaan ini menangani jasa stevedoring, cargodoring, receiving/delivery, pergudangan, stuffing/stripping, door-to-door, tally, handling project, supervisi project, sewa alat mekanis dan non mekanis.

PT Makassar Jaya Samudera

Didirikan pada akhir tahun 2010, dan berdomisili di Makassar. Perusahaanini menawarkan beberapa jasa layanan bongkar muat/stevedoring termasuk,cargodoring, receiving/delivery, project logistics support, dan equipment provider.

PT Merak Jaya Asri

Berdiri pada tahun 1986. Kegiatan utamanya meliputi stevedoring cargo breakbulk dan general cargo, cargodoring, receiving/delivery, stuffing/stripping, customs clearance, equipment provider, heavy cargo handling.

PT Musi Kalijaya

Didirikan pada tahun 1986, Perusahaan ini Menyediakan jasa stuffing Container Freight Station (CFS) dan Container Yard (CY), warehousing, handling breakbulk cargo, trucking, project cargo, door-to-door service di Palembang, Sumatera Selatan.

PT Padang Jaya Samudera

Perusahaan ini didirikan pada tahun 2010 dengan aktivitas bisnis yangberkonsentrasi di pelabuhan teluk Bayur, Sumatera Barat. Jasa yang ditangani meliputi stevedoring, cargodoring, stuffing & stripping, cleaning dan customs clearance.

PT Papan Jaya Tirta

Didirikan pada tahun 1986 untuk menangani jasa stevedoring plywood, cargodoring, door-to-door services, customs clearance, receiving/delivery di Balikpapan, Kalimantan timur.

PT Pontianak Jaya Samudera

Perusahaan ini didirikan pada tahun 2011 khusus untuk menangani jasa stevedoring, cargodoring, pergudangan, handling cargo import, customs clearance brokerage di Kalimantan Barat.

PT Prima Bandar Samudera

Perusahaan yang didirikan pada tahun 2012 ini menyediakan jasa bongkar muat dan berdomisili di Tanjung Priok, Jakarta dengan cakupan wilayah operasional di dua pelabuhan yaitu pelabuhan Tanjung Priok dan pelabuhan KBN Marunda. Kegiatan utamanya adalah stevedoring breakbulk cargo dan peti kemas domestik. Perusahaan ini juga melayani pelanggan dengan segmen pasar pelayaran peti kemas domestik dengan kapal berukuran sedang serta pelayaran internasional untuk muatan general cargo.

PT Riau Jaya Samudera

Perusahaan yang didirikan pada tahun 1998 ini beroperasi di Dumai sampai ke pelabuhan Perawang, Sei Pakning, Tanjung Buton (Siak), pelabuhan Pekanbaru dan sekitarnya. Jasa yang ditangani meliputi stevedoring, cargodoring, receiving/delivery, project refinery dan project moving.

PT Tangguh Jaya Samudera

Didirikan pada tahun 2016 dengan tujuan menyediakan jasa layanan stevedoring yang meliputi cargodoring, receiving/delivery, stevedoring licensing.

PT Tara Jaya Samudera

Perusahaan ini berdiri sejak tahun 1986 dan berdomisili di Tarakan, Kalimantan Utara dengan cabang di Nunukan dan Tanjung Selor. Jasa yang ditangani antara lain stevedoring, general cargo, inter island & ekspor-impor, cargo plywood, dan batubara.

PT Tembini Jaya Samudera

Unit bisnis ini beroperasi di Cilacap, Jawa Tengah. Layanan yang ditangani termasuk bongkar muat, stuffing/stripping, dan cargodoring.

PT Tirang Jaya

Didirikan pada tahun 1986, menangani jasa stevedoring, general cargo dan breakbulk, warehousing, stuffing/stripping, tally, equipment provider, project cargo handling